Comienza de nuevo el curso en el colegio Zurbarán. Los protagonistas de 'Física o química' vuelven con sus relaciones complicadas, un triángulo amoroso, problemas familiares y tensiones laborales al 'prime time' de los lunes. Michele Brown y Verónika Moral se incorporan al reparto.

La llegada de Miguel (Michel Brown) como nuevo profesor de Historia va a trastocar la vida de Irene y de Blanca. La amistad que había entre ellas se va a tambalear con la llegada de este guaperas a su piso.

Tampoco va a acabar bien la relación entre Gorka, Ruth y Cabano. Girarán las tornas y Gorka se quedará sin su mejor amigo y sin su chica. Por su parte, Cabano será acusado de malos tratos y sólo contará con el apoyo de Blanca.

Jan y Paula continúan con su historia de amor y Hugo encuentra a su media naranja. Pero la relación estrella de la temporada la protagonizan Julio y Cova que aunque pasarán por bastantes problemas, terminarán solventándolos.

Roque se enfrenta con su pasado. La relación con su padre sigue siendo conflictiva. Las cosas se complican cuando aparece en escena su ex mujer, como nueva profesora de Filosofía, mientras que él sigue con Olimpia.

Toda la trama de los personajes se entremezclará con cuestiones políticas, éticas y sociales como ya ocurrió en la primera temporada.